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        DNA Marker 如何選擇

        作者:上海捷瑞生物工程有限公司 瀏覽: 發表時間:2020-03-02 14:22:24

        上海捷瑞生物工程有限公司自主開發的DNA marker 系列產品,種類齊全,質量穩定,條帶設計合理、清晰、即用型包裝、使用方便,包裝內皆附有5x Loading Buffer供客戶樣品加樣使用。更有預染Marker和預染Loading Buffer,讓實驗室可以方便的實現無EB電泳。

        根據緩沖液和適用范圍不同,捷瑞DNA marker 產品分為兩大類:非預染DNA marker 、GelRed預染DNA marker

        根據條帶類型不同,Generay DNA Marker目前主要分為兩大類型:

          1. 常規分離鑒定系列(NormalRunTM)           2. 精確分離鑒定系列 (AccurateRunTM)


        環顧各生物公司的Marker產品,雖說各式各樣,但主要還是分為DNA Marker,RNA Marker和蛋白Marker。當然啦,作為Marker,他們在選擇上有一定的共性,可以參照下面的理論。



        真理一:應選擇在目標片段大小附近ladder較密的marker,這樣對目標片段大小的估計較準確。


        真理二:所選marker應能清楚反映目標片段的大小,且次要片段大小也能反映出來。如酶切鑒定時,目的片段和切后載體片段最好能在同一個marker中反映出來。


        真理三:若二者不能兼顧,以第一條真理為準。


        今天我們著重講講DNA marker選擇方法,為了方便大家理解,大家可參照下面這張圖


        捷瑞精選幾種EB替代染料,具有安全性高、靈敏度高、穩定性好的特點。具體使用方案,可向捷瑞技術人員咨詢,或發Email 至service@generay.com.cn,我們將為您提供詳盡的技術支持。

        產品編號

        產品名稱

         包裝

        價格(元)

        GRS001

        GRred 核酸染料(10000*濃度)

        相比SYBR Green I 等核酸染料,經大量實驗和檢驗證明 GRred 有安全性和靈敏度更高,穩定性極佳等顯著特點,是最成熟的EB替代物之一。

        500ul

        990

        GRS003

        (大規模PCR檢測特別推薦)

        GRgreen II核酸染料(10000*濃度)

        GRgreen II 核酸染料屬于花青類染料,安全無毒,電泳后凝膠可在紫外燈下直接觀察,條帶呈藍綠色,靈敏度與EB相仿,但略低于GelRed Gelgreen。GRgreen II 最大優勢在于預制膠實驗中的電泳遷移率不受染料影響,電泳條帶非常整齊。使用該染料的預制膠特別適用于大規模PCR產物的直接電泳檢測。

        1ml

        220

        瓊脂糖DNA凝膠電泳注意事項

        準備干凈的配膠板和電泳槽 

        注意DNA酶污染的儀器可能會降解DNA,造成條帶信號弱、模糊甚至缺失的現象。


         選擇電泳方法 

        一般的核酸檢測只需要瓊脂糖凝膠電泳就可以;如果需要分辨率高的電泳,特別是只有幾個bp的差別應該選擇聚丙烯酰胺凝膠電泳;用普通電泳不合適的巨大DNA鏈應該使用脈沖凝膠電泳。注意巨大DNA鏈用普通電泳可能跑不出膠孔導致缺帶。 


         正確選擇凝膠濃度 

        對于瓊脂糖凝膠電泳,濃度通常在0.5~2%之間,低濃度的用來進行大片段核酸的電泳,高濃度的用來進行小片段分析。低濃度膠易碎,小心操作和使用質量好的瓊脂糖是解決辦法。注意高濃度的膠可能使大分子DNA帶不易分辨開,造成條帶缺失現象。 


         適合的電泳緩沖液 

        常用的緩沖液有TAE和TBE,而TBE比TAE有著更好的緩沖能力。電泳時使用新制的緩沖液可以明顯提高電泳效果。注意電泳緩沖液多次使用后,離子強度降低,pH值上升,緩沖性能下降,可能使DNA電泳產生條帶模糊和不規則的DNA帶遷移的現象。 


        電泳的合適電壓和溫度 

        電泳時電壓不應該超過20V/cm,電泳溫度應該低于30℃,對于巨大的DNA電泳,溫度應該低于15℃。注意如果電泳時電壓和溫度過高,可能導致出現條帶模糊和不規則的DNA帶遷移的現象。特別是電壓太大可能導致小片段跑出膠而出現缺帶現象。


         DNA樣品的純度和狀態 

        注意樣品中含鹽量太高和含雜質蛋白均可以產生條帶模糊和條帶缺失的現象。乙醇沉淀可以去除多余的鹽,用酚可以去除蛋白。注意變性的DNA樣品可能導致條帶模糊和缺失,也可能出現不規則的DNA條帶遷移。上樣前不要對DNA樣品加熱,用20mM NaCl緩沖液稀釋可以防止DNA變性。


         DNA的上樣 量

        正確的DNA上樣量是條帶清晰的保證。注意太多的DNA上樣量可能導致DNA帶型模糊,而太小的DNA上樣量則導致帶信號弱甚至缺失。通常情況下,適當減少上樣量,更易得到好的DNA電泳帶型。上海捷瑞公司DNA分子量標準每次上樣5ul即可得到清晰均勻的條帶。 


         Marker的選擇 

        DNA電泳一定要使用DNA Marker或已知大小的正對照DNA來估計DNA片段大小。Marker應該選擇在目標片段大小附近ladder較密的,這樣對目標片段大小的估計才比較準確。上海捷瑞公司的DNA Marker條帶清晰,亮度均勻,質量穩定,各DNA大小均有對應的DNA ladder,是您實驗的首選。需要注意的是Marker的電泳同樣也要符合DNA電泳的操作標準。


         凝膠的染色和觀察 

        實驗室常用的核酸染色劑是溴化乙啶(EB),染色效果好,操作方便,但是穩定性較差,具有毒性。一些公司開發出一系列的核酸染料的替代品。如SYBR Green,GelRed等實用性比較強的新型核酸染料。上海捷瑞優化并構建出一系列的質粒,可做出多種長度的DNA片段,以這些片段為基本原料,我們組合構建出一系列的DNA ladder,用以滿足客戶的實驗要求。另外我們根據GelRed染料的特性,開發了一系列與GelRed預混的DNA ladder,與DNA Marker自帶的含GelRed的5xLoading dye或用戶自己購買的GelRed配合使用,可以很好地替代EB,解決EB毒性問題。由于我們將各條帶均針對GelRed電泳進行了優化,常規電泳可以得到比較理想的電泳圖譜。注意觀察凝膠時應根據染料不同使用合適的光源和激發波長,如果激發波長不對,條帶則不易觀察,出現條帶模糊的現象。


         

          

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